An der Stelle, wo heute die Kirche steht, war ursprünglich das Haus der Familie Hofbauer. Im Jahr 1908 wurde dieses Haus von den Redemptoristen der österreichischen Provinz gekauft. Im folgenden Jahr eröffneten hier die Schwestern der hl. Hedwig ihr Kloster mit Waisenhaus und Pflegeheim. Als die Schwestern 1929 umzogen, wurde das Gebäude von den Redemptoristen der Prager Provinz übernommen, um hier ihr neues Kloster zu gründen (am 20. Januar 1934).

Im Jahr 1932 wurde das Haus wegen seines schlechten Zustands niedergerissen. Die Geburtsstube des Hl. Klemens blieb jedoch erhalten. Am 9. April 1933 wurde hier der Grundstein einer neuen Kirche gelegt, die nach dem 1909 heilig gesprochenen Klemens Hofbauer benannt werden sollte. Die Baupläne stammten von dem namhaften Wiener Architekten Prof. Clemens Holzmeister. Ein halbes Jahr später wurden die Bauarbeiten zu Ende gebracht. Am 8. Oktober 1933 wurde die Kirche vom Brünner Bischof Dr. Josef Kupka geweiht. An dem Kirchweihfest nahmen damals rund 15 000 Leute teil.

Die Ereignisse des Zweiten Weltkriegs, die Vertreibung der Deutschen und die nachfolgende Zeit der Totalität haben aber alles geändert. 1950 wurden noch dazu alle Klöster gewaltsam geschlossen und die Ordenstätigkeit verboten. Das hiesige Kloster diente noch lange Jahre als Kinderkrippe.

Im Jahre 1990 (nach der „samtenen Revolution“) wurde die Kirche mit dem Kloster der Redemptoristenprovinz in Prag zurückgegeben. Das ganze Objekt sollte hauptsächlich zur Ausbildung neuer Kandidaten dienen, die nach dem Vorbild des Hl. Klemens leben wollten. Aber dazu kam es nur in den Jahren 1994 – 1996. Seit dem Jahre 2007 hat hier eine Missionsgruppe der Redemptoristen ihren Sitz (www.lidovemisie.cz).

Anlässlich des hundertjährigen Kanonisationsjubiläums von Klemens Hofbauer wurde in der Kirche eine Dauerausstellung über den Heiligen eingerichtet.